研究実績

原著論文

1. Kurotani K, Hirakawa H, Shirasawa K, Tagiri K, Mori M, Ramadan A, Ichihashi Y, Suzuki T, Tanizawa Y, An J, Winefield C, Waterhouse PM, Miura K, Nakamura Y, Isobe S, Notaguchi M. Establishing a comprehensive web-based analysis platform for Nicotiana benthamiana genome and transcriptome. Plant J. doi: 10.1111/tpj.17178. 2024 [PubMed] [Journal]
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3. Kuchikata H, Sano M, Fujiwara F, Murashima K, Kumaishi K, Narukawa M, Nose Y, Kobayashi M, Hamamoto S, Kobayashi NI, Sugiyama A, Nihei N, Ichihashi Y, Kusano M. Soil volatilomics uncovers tight linkage between soybean presence and soil omics profiles in agricultural fields. Sci. Rep. 14: 20541. 2024 [PubMed] [Journal]
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4. Boukteb A, Sato K, Gan P, Kharrat M, Sakouhi H, Shibata A, Shirasu K, Ichihashi Y, Bouhadida M. Global changes in gene expression during compatible and incompatible interactions of faba bean (Vicia faba L.) during Orobanche foetida parasitism. PLOS ONE. 19(4): e0301981. 2024 [PubMed] [Journal]
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5. Furuta Y, Yamamoto H, Hirakawa T, Uemura A, Pelayo MA, Iimura H, Katagiri N, Takeda-Kamiya N, Kumaishi K, Shirakawa M, Ishiguro S, Ichihashi Y, Suzuki T, Goh T, Toyooka K, Ito T, Yamaguchi N. Petal abscission is promoted by jasmonic acid-induced autophagy at Arabidopsis petal bases. Nature Communications. 15: 1098. 2024 [PubMed] [Journal]
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6. Yotsui I, Matsui H, Miyauchi S, Iwakawa H, Melkonian K, Schlüter T, Gimenez-Ibanez S, Kanazawa T, Nomura Y, Stolze SC, Jeon HW, Sugano S, Shirakawa M, Nishihama M, Ichihashi Y, Shirasu K, Ueda T, Kohchi T, Nakagami H. Genetic and phosphoproteomic basis of LysM-mediated immune signaling in Marchantia polymorpha highlights conserved elements and new aspect of pattern-triggered immunity in land plants. Current Biology. 33: 1-15. 2023 [PubMed] [Journal]
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7. Miyamoto H, Shigeta K, Suda W, Ichihashi Y, Nihei N, Matsuura M, Tsuboi A, Tominaga N, Aono M, Sato M, Taguchi S, Nakaguma T, Tsuji N, Ishii C, Matsushita T, Shindo C, Ito T, Kato T, Kurotani A, Shima H, Moriya S, Wada S, Horiuchi S, Satoh T, Mori K, Nishiuchi T, Miyamoto H, Kodama H, Hattori M, Ohno H, Kikuchi J, Hirai M. An agroecological structure model of compost—soil—plant interactions for sustainable organic farming. ISME Commun. 3(1): 28. 2023 [PubMed] [Journal]
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8. Bui KT, Naruse T, Yoshida H, Toda Y, Ohmori Y, Tsuda M, Kaga A, Yamasaki Y, Tsujimoto H, Ichihashi Y, Hirai YM, Fujiwara T, Iwata H, Matsuoka M, Takahashi H, Nakazono M. Effects of irrigation on root growth and development of soybean: a 3-year sandy field experiment. Front Plant Sci. 13: 1047563. 2022 [PubMed] [Journal]
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11. Kumaishi K, Usui E, Suzuki K, Kobori S, Sato T, Toda Y, Takanashi H, Shinozaki S, Noda M, Takakura A, Matsumoto K, Yamasaki Y, Tsujimoto H, Iwata H, Ichihashi Y, High throughput method of 16S rRNA gene sequencing library preparation for plant root microbial community profiling. Sci. Rep. 12: 19289. 2022 [PubMed] [Journal]
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14. Choi SW, Kumaishi K, Motohashi R, Enoki H, Chacuttayapong W, Takamizo T, Saika H, Endo E, Yamada T, Hirose A, Koizuka N, Kimura S, Kawakatsu Y, Koga H, Ito E, Shirasu K, Ichihashi Y, Oxicam-type nonsteroidal anti-inflammatory drugs enhance Agrobacterium-mediated transient transformation in plants. Plant Biotechnology. 39(3): 323-327. 2022 [Journal]
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21. Sato K, Uehara T, Holbein J, Sasaki-Sekimoto Y, Gan P, Bino T, Yamaguchi K, Ichihashi Y, Maki N, Shigenobu S, Ohta H, Franke RB., Siddique S, Grundler FM.W., Suzuki T, Kadota Y, Shirasu K, Transcriptomic analysis of resistant and susceptible responses in a new model root-knot nematode infection system using Solanum torvum and Meloidogyne arenaria. Front Plant Sci. 12: 680151. 2021 [PubMed] [Journal]
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総説論文

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65. Fujiwara F, Nihei N, Ichihashi Y. 「農業デジタルツインによるGX」 アグリバイオ 8(1): 22-28. 2024
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66. Nihei N, Ichihashi Y. 「植物におけるアミノ酸の吸収とその利用」 ニューカントリー 70(11): 17-20. 2023
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67. Nihei N, Ichihashi Y. 「マルチオミクス解析による農業生態系のデジタル化」 日本土壌肥料学雑誌 C-23-017-2. 2023
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72. Ichihashi Y, Nihei N. 「マルチオミクス解析による農業生態系のデジタル化」 植調 56(6): 143-148. 2022
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73. Ichihashi Y, Nihei N. Che F. 「農業生態系のデジタル化により明らかになった有機態窒素の役割―植物栄養学の新たな展開―」 植物の生長調節 Regulation of Plant Growth & Development, 56(2): 97-101. 2021
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74. Nihei N, Ichihashi Y. 「アイソトープのトレーサー利用により明らかになる作物生育に関与する有機成分の機能解明」 RADIOISOTOPES, 70: 29-39. 2021
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75. Ichihashi Y, Nihei N. 「作物生産におけるマルチオミクス解析の現状と課題」 バイオサイエンスとインダストリー, 79(1): 20-24. 2021
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76. Ichihashi Y. 「日本らしい植物微生物学」 アグリバイオ 1月号, 5(1): 6-7. 2021
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77. Nihei N, Ichihashi Y. 「農業生態系のデジタル化に成功し、土壌有機態窒素の重要性を解明」 作物生産と土作り 52(559): 52-57. 2020
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78. Ichihashi Y, Hakoyama T, Iwase A, Shirasu K, Sugimoto K, Hayashi M. Common mechanisms of developmental reprogramming in plants - lessons from regeneration, symbiosis and parasitism. Front Plant Sci. 11: 1084. 2020
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79. Ichihashi Y, Nihei N, Date Y. 「マルチオミクス解析で拓く次世代農業」 アグリバイオ 8月号, 18-22, 2020
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80. Ichihashi Y, Ishigaki Y, Shirasu K. 「植物と根圏微生物叢の相互作用」 アグリバイオ 9月号, 67-84, 2017
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81. Ichihashi Y. Evolutionary developmental studies of leaf shape. BSJ-Review. 7. 288. 2016
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89. Ranjan A, Ichihashi Y, Sinha NR. 2012. The tomato genome: implications for plant breeding, genomics and evolution. Genome Biol. 13(8): 167. 2012
    ‌
90. Aichi M, Ichihashi Y, Minami M. 「<第4章>食虫植物トウカイコモウセンゴケとその両親種の話」アリーナ，中部大学，7，pp389-396，2009
    ‌
91. Ajioka Y, Ichihashi Y, Kyuushima H, Kogaya K, Horikawa D, Minami M. 「DNA多型を用いた遺伝的多様性解析と鑑定法」中部大学生物機能開発研究所紀要, 中部大学, 7, 49-74, 2007
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92. Ichihashi Y, Hattori K, Minami M. 「総説 東海丘陵要素植物群落の保全生態学的研究 保全•修復とその管理に関する研究 (4) モウセンゴケ属（Drosera）の種多様性と分子系統学的研究について」 中部大学生物機能開発研究所紀要, 中部大学, 6, 67-84, 2006
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著書

• 佐藤　匠, 市橋　泰範 「アーバスキュラー菌根菌の力を利用するバイオスティミュラント資材の開発に向けて」 山内　靖雄, 須藤　修, 和田　哲夫 (監修). バイオスティミュラントハンドブック. エヌ・ティー・エス. 2022
• 二瓶　直登, 市橋　泰範 「アミノ酸による植物生育への作用メカニズム」 山内　靖雄, 須藤　修, 和田　哲夫 (監修). バイオスティミュラントハンドブック. エヌ・ティー・エス. 2022
• Ichihashi Y, Kawade K, Tsukaya H. Arabidopsis thaliana leaf blade and leaf petiole. Noguchi T, Kawano S, Tsukaya H, Matsunaga S, Sakai A, Karahara I, Hayashi Y (Eds.). Atlas of Plant Cell Structure. Springer. 2014

特許

• 市橋 泰範, 藤原 風輝 「植物の糖度を向上するための組成物、糖度向上植物体を生産する方法、植物の糖度向上方法、及び植物の糖度向上作用を有する栽培用培地組成物」 特願2024-101029（2024/6/24 出願）
• 市橋 泰範, 成川　恵, 木本　訓弘 「アーバスキュラー菌根菌の生産方法」 特願2024-059737（2024/4/2 出願）
• 小泉 敬彦, 市橋 泰範, 鈴木 健大 「A quantitative prediction method utilizing whole omics data as a biosensor」 特願63-453626（2023/3/21 出願）
• 成川 恵, 市橋 泰範 「有用微生物のスクリーニング方法」 特願2022-074332（2022/4/28 出願）
• 二瓶 直登, 市橋 泰範, 佐藤 匠, 阿閉 耕平, 柴本 寛子, 鈴木 健吾 「作物鮮度保持改善剤、作物鮮度保持改善用肥料組成物及び作物鮮度保持改善方法」 特願2021-28907（2021/2/25 出願）
• 市橋 泰範, 箱山 雅生 「アダプター配列が付加されたDNA分子を製造する方法、およびその利用」 特願2020-025576（2020/2/18 出願）

招待講演

• 日本分析化学会第84回分析化学討論会「農マルチオミクス解析から農業デジタルツイン開発へ」 2024年5月18日〜5月19日
• 第39回資源植物科学シンポジウム及び第15回ストレス科学研究シンポジウム-植物科学の基礎から応用まで-「農業生態系のマルチオミクス研究」 2024年2月26日
• 5th Waseda Brussels Conference"Global Sustainable Food Supply"SESSION II - CARBON FARMING 「Toward development of agricultural digital twin」 2023年12月13日
• 日本土壌肥料学会2023年度愛媛大会一般公開シンポジウム「農業生態系のデジタル化－温州みかんの農業生態系デジタル化研究の事例－」 2023年9月14日
• 公開シンポジウム「食・土・肥料－SDGs達成のための基礎科学として」　「データサイエンスで篤農家の匠の技を明らかにする」 2023年7月29日
• 2023年度日本計量生物学会　「マルチオミクス解析から農業デジタルツイン開発へ」 2023年4月20日
• ～人と地球の健康を考える～　プラネタリーヘルスケア・フォーラム　「デジタルと微生物利用による新しい農業」 2022年11月24日
• NTT西日本主催 ICTオンラインセミナー　「地球環境に配慮した次世代の農業とは」 2022年11月9日
• 日本農芸化学会2022年度大会産学官学術交流フォーラム　「植物 x 微生物で21世紀の緑の革命をめざす」 2022年3月18日
• 日本農芸化学会2022年度大会「植物-微生物相互作用から拡張する農業環境エンジニアリングの未来像」 2022年3月15日
• 超異分野学会東京大会2022「エンジニアリング オブ 複雑発酵 ー 我が家の糠床は科学技術で完コピできるのか？ ー」 2022年3月4日
• ジョイントシンポジウム“植物を「観る」から農作物を「みる」へ”「マルチオミクス解析による農業生態系のデジタル化」 2022年3月2日
• シスメックスとの技術交流会「マルチオミクス解析による農業生態系のデジタル化」 2021年11月19日
• 有機農業者対象講演「有機農業の普及と土壌のデジタル化の将来性について」 2021年10月16日
• 第15回メタボロームシンポジウム「マルチオミクス解析による 農業生態系のデジタル化」 2021年10月14日
• 富岳BEGINS HPCが起こす「食の革命」の可能性～バイオ・農業・資源循環～「農業のデジタルツイン　農業環境エンジニアリングシステム」 2021年9月17日
• 第3回センサ&IoTセミナー「マルチオミクス解析による農業生態系のデジタル化」 2021年4月27日
• 第2回農業の持続的生産とスマート農業研究会「マルチオミクス解析による農業生態系のデジタル化」 2021年3月31日
• 第68回日本生態学会大会「マルチオミクス解析による農業生態系のデジタル化」 2021年3月17日
• 有機農業技術者会議2021「新たな農法技術開発への期待」 2021年2月20日
• 2020年植物微生物研究会オンラインシンポジウム「植物微生物学の未来へのロードマップ」 2020年9月12日
• 東京バイオテクノロジー専門学校講演「最新テクノロジーで日本の農業へ貢献」 2020年1月7日
• 2019年植物科学シンポジウム「農業現場でのマルチオミクス解析の展開」 2019年12月11日
• SIPワークショップ「デジタルと微生物利用による新しい農業」 2019年11月13日
• トーゴーの日シンポジウム2019「微生物―植物相互作用を解明して育種に繋げるには？」 2019年10月5日
• 理研イブニングセミナー「作物と土と微生物の関係について～科学の力で農業環境の見える化～」 2019年9月18日
• 微生物生態学会-植物生理学会共催シンポジウム「植物微生物研究で共創する未来」 2019年9月11日
• 理研サイエンスレクチャー「微生物の力を利用して農業へ貢献する研究」 2019年8月25日
• 農研機構・NGSデータ解析シンポジウム「フィールドアグリオミクスにより有機農業を科学する」 2018年9月25日
• オーガニックライフスタイルEXPO「「野菜の健康診断」データから見る 一般野菜と有機野菜を比較する」2018年9月23日
• アグリゲノム産業研究会第７回例会「フィールドアグリオミクスにより有機農業を科学する」 2018年9月14日
• 第70回日本生物工学会大会「フィールドアグリオミクスにより有機農業を科学する」 2018年9月7日
• JBA植物バイオ研究会第15回会合 「フィールドアグリオミクスにより有機農業を科学する」 2018年4月18日
• 徳島オーガニックフェスタ 「フィールドアグリオミクス研究」2018年2月24日
• 岡山大学植物研・共同研究拠点ワークショップ 「フィールドアグリオミクスにより有機農業を科学する」2017年12月」2017年12月26日
• 第一回日本共生生物学会大会「寄生植物－宿主相互作用における表現型可塑性と遺伝子発現ダイナミクス」2017年11月19日
• 日本線虫学会第23回大会 「植物の進化発生学における比較トランスクリプトーム解析」2015年9月2日

その他

• 日経新聞にて研究活動の報道 2023年12月4日
• 日本土壌肥料学会2022年度東京大会にて若手ポスター発表優秀賞を受賞 2022年9月14日：https://www.jssspn.org/2022/doc/pdf/award.pdf
• 根研究学会にて学術特別賞を受賞 2022年9月18日：http://www.jsrr.jp/rspnsv/awards.html
• 日本経済新聞・日経産業新聞・上毛新聞・京都新聞・伊勢新聞・愛媛新聞・佐賀新聞・山梨日日新聞・中国新聞・中日新聞・高知新聞・奈良新聞・千葉日報にて研究活動の報道 2022年3月15日〜2022年3月30日
• 読売新聞にて研究活動の報道 2021年3月25日
• 日経バイオテクにて研究活動の報道 2021年3月2日
• 生物系特定産業技術研究支援センターのサイトにて研究活動の報道 2020年10月1日
• 科学新聞にて研究活動の報道 2020年6月26日
• 生物系特定産業技術研究支援センターのサイトにて研究活動の報道 2020年6月23日
• 農業協同組合新聞にて研究活動の報道 2020年6月15日
• 日経バイオテク、化学工業日報、福島民友、福島民報にて研究活動の報道 2020年6月9日
• SMART AGRIにて研究活動の報道 2020年2月21日
• SMART AGRIにて研究活動の報道 2020年2月19日
• SMART AGRIにて研究活動の報道 2020年2月17日
• 日本農業新聞にて研究活動の報道 2018年3月28日
• 日本農業新聞にて研究活動の報道 2017年8月29日