1. Boukteb A, Sato K, Gan P, Kharrat M, Sakouhi H, Shibata A, Shirasu K, Ichihashi Y, Bouhadida M. Global changes in gene expression during compatible and incompatible interactions of faba bean (Vicia faba L.) during Orobanche foetida parasitism. PLOS ONE. 19(4): e0301981. 2024 [PubMed] [Journal]
  2. Furuta Y, Yamamoto H, Hirakawa T, Uemura A, Pelayo MA, Iimura H, Katagiri N, Takeda-Kamiya N, Kumaishi K, Shirakawa M, Ishiguro S, Ichihashi Y, Suzuki T, Goh T, Toyooka K, Ito T, Yamaguchi N. Petal abscission is promoted by jasmonic acid-induced autophagy at Arabidopsis petal bases. Nature Communications. 15: 1098. 2024 [PubMed] [Journal]
  3. Yotsui I, Matsui H, Miyauchi S, Iwakawa H, Melkonian K, Schlüter T, Gimenez-Ibanez S, Kanazawa T, Nomura Y, Stolze SC, Jeon HY, Sugano S, Shirakawa M, Nishihama M, Ichihashi Y, Shirasu K, Ueda T, Kohchi T, Nakagami H. Genetic and phosphoproteomic basis of LysM-mediated immune signaling in Marchantia polymorpha highlights conserved elements and new aspect of pattern-triggered immunity in land plants. Current Biology. 33: 1-15. 2023 [PubMed] [Journal]
  4. Miyamoto H, Shigeta K, Suda W, Ichihashi Y, Nihei N, Matsuura M, Tsuboi A, Tominaga N, Aono M, Sato M, Taguchi S, Nakaguma T, Tsuji N, Ishii C, Matsushita T, Shindo C, Ito T, Kato T, Kurotani A, Shima H, Moriya S, Wada S, Horiuchi S, Satoh T, Mori K, Nishiuchi T, Miyamoto H, Kodama H, Hattori M, Ohno H, Kikuchi J, Hirai M. An agroecological structure model of compost—soil—plant interactions for sustainable organic farming. ISME Commun. 3(1): 28. 2023 [PubMed] [Journal]
  5. Bui KT, Naruse T, Yoshida H, Toda Y, Ohmori Y, Tsuda M, Kaga A, Yamasaki Y, Tsujimoto H, Ichihashi Y, Hirai YM, Fujiwara T, Iwata H, Matsuoka M, Takahashi H, Nakazono M. Effects of irrigation on root growth and development of soybean: a 3-year sandy field experiment. Front Plant Sci. 13: 1047563. 2022 [PubMed] [Journal]
  6. Aoki N, Cui S, Ito S, Kumaishi K, Kobori S, Ichihashi Y, Yoshida S. Phenolic signals for prehaustorium formation in Striga hermonthica. Front Plant Sci. 13: 1077996. 2022 [PubMed] [Journal]
  7. Dang T, Kumaishi K, Usui E, Kobori S, Sato T, Toda Y, Yamasaki Y, Tsujimoto H, Ichihashi Y, Iwata H. Stochastic variational variable selection for high-dimensional microbiome data. Microbiome. 10(1): 236. 2022 [PubMed] [Journal]
  8. Kumaishi K, Usui E, Suzuki K, Kobori S, Sato T, Toda Y, Takanashi H, Shinozaki S, Noda M, Takakura A, Matsumoto K, Yamasaki Y, Tsujimoto H, Iwata H, Ichihashi Y, High throughput method of 16S rRNA gene sequencing library preparation for plant root microbial community profiling. Sci. Rep. 12: 19289. 2022 [PubMed] [Journal]
  9. Kelly S. T, Hakoyama T, Kumaishi K, Okuda-Yabukami H, Kato S, Hayashi M, Minoda A, Ichihashi Y, A novel genomic DNA library preparation method with low GC bias. bio Rxiv. 2022 [Journal]
  10. Shin C, Choi D, Shirasu K, Ichihashi Y, Hahn Y, A novel RNA virus, Thesium chinense closterovirus 1, identified by high-throughput RNA-sequencing of the parasitic plant Thesium chinense. Acta virologica. 66: 206-215. 2022 [PubMed] [Journal]
  11. Choi SW, Kumaishi K, Motohashi R, Enoki H, Chacuttayapong W, Takamizo T, Saika H, Endo E, Yamada T, Hirose A, Koizuka N, Kimura S, Kawakatsu Y, Koga H, Ito E, Shirasu K, Ichihashi Y, Oxicam-type nonsteroidal anti-inflammatory drugs enhance Agrobacterium-mediated transient transformation in plants. Plant Biotechnology. 39(3): 323-327. 2022 [Journal]
  12. Choi D, Shin C, Shirasu K, Ichihashi Y, Hahn Y, Artemisia capillaris nucleorhabdovirus 1, a novel member of the genus Alphanucleorhabdovirus, identified in the Artemisia capillaris transcriptome. Acta virologica. 66(2): 149-156. 2022 [PubMed] [Journal]
  13. Jathar V, Saini K, Chauhan A, Rani R, Ichihashi Y, Ranjan A, Spatial control of cell division by GA-OsGRF7/8 module in a leaf explains the leaf length variation between cultivated and wild rice. New Phytol. 234(3): 867-883. 2022 [PubMed] [Journal]
  14. Suzuki K, Abe M. S, Kumakura D, Nakaoka S, Fujiwara F, Miyamoto H, Nakaguma T, Okada M, Sakurai K, Shimizu S, Iwata H, Masuya H, Nihei N, Ichihashi Y, Chemical-Mediated Microbial Interactions Can Reduce the Effectiveness of Time-Series-Based Inference of Ecological Interaction Networks. Int. J. Environ. Res. Public Health. 19(3): 1228. 2022 [PubMed] [Journal]
  15. Notaguchi M, Kurotani K, Huang C, Okayasu K, Suzuki T, Ichihashi Y, Shirasu K, Higashiyamam T, Niwa M, Discovery of the interfamily grafting capacity of Petunia, a floricultural species. Hortic. Res. 9: uhab056. 2022 [Journal]
  16. Sato T, Suzuki K, Usui E, Ichihashi Y, Phosphorus is a critical factor of the in vitro monoxenic culture method for a wide range of arbuscular mycorrhizal fungi culture collections. bio Rxiv. 2021 [Journal]
  17. Ayukawa Y, Asai S, Gan P, Tsushima A, Ichihashi Y, Shibata A, Komatsu K, Houterman PM., Rep M, Shirasu K, Arie T, A pair of effectors encoded on a conditionally dispensable chromosome of Fusarium oxysporum suppress host-specific immunity. Commn. Biol. 4: 707. 2021 [PubMed] [Journal]
  18. Sato K, Uehara T, Holbein J, Sasaki-Sekimoto Y, Gan P, Bino T, Yamaguchi K, Ichihashi Y, Maki N, Shigenobu S, Ohta H, Franke RB., Siddique S, Grundler FM.W., Suzuki T, Kadota Y, Shirasu K, Transcriptomic analysis of resistant and susceptible responses in a new model root-knot nematode infection system using Solanum torvum and Meloidogyne arenaria. Front Plant Sci. 12: 680151. 2021 [PubMed] [Journal]
  19. Jhu MY, Ichihashi Y, Farhi M, Wong C, Sinha N, LATERAL ORGAN BOUNDARIES DOMAIN 25 functions as a key regulator of haustorium development in dodders. Plant Physiol. 186: 2093–2110. 2021 [PubMed] [Journal]
  20. Fujii T, Minami M, Watanabe T, Sato Takumi Kumaishi K, Ichihashi Y, Characterization of inter-annual changes in soil microbial lora of Panax ginseng cultivation ields in Shimane Prefecture of Western Japan by DNA metabarcoding using next-generation sequencing. J. Nat .Med. 75: 1067–1079. 2021 [PubMed] [Journal]
  21. Boukteb A, Sakaguchi S, Ichihashi Y, Kharrat M, Nagano AJ, Shirasu K, Bouhadida M, Analysis of genetic diversity and population structure of Orobanche foetida populations from Tunisia using RADseq. Front Plant Sci.12: 618245. 2021 [PubMed] [Journal]
  22. Masumoto N, Suzuki Y, Cui S, Wakazaki M, Sato M, Kumaishi K, Shibata A, Furuta M. K, Ichihashi Y, Shirasu K, Toyooka K, Sato Y, Yoshida S, Three-dimensional reconstructions of the internal structures of haustoria in parasitic Orobanchaceae. Plant Physiol. 185: 1429–1442. 2021 [PubMed] [Journal]
  23. Ogawa S, Wakatake T, Spallek T, Ishida JK, Sano R, Kurata T, Demura T, Yoshida S, Ichihashi Y, Schaller A, Shirasu K, Subtilase activity in the intrusive cells mediates haustorium maturation in parasitic plants. Plant Physiol. 185(4): 1381–1394. 2020 [PubMed] [Journal]
  24. Wang Y, Kumaishi K, Suzuki T, Ichihashi Y, Yamaguchi N, Shirakawa M, Ito T, Morphological and physiological framework underlying plant longevity in Arabidopsis thaliana. Front. Plant Sci. 11: 600726. 2020 [PubMed] [Journal]
  25. Murata G, Uesugi K, Uehara T, Kumaishi K, Ichihashi Y, Saito T, Shinmura Y, Solanum palinacanthum : broad‐spectrum resistance to root‐knot nematodes (Meloidogyne spp.) Pest Management Science, 76(12): 3945-3953. 2020 [PubMed] [Journal]
  26. Notaguchi M, Kurotani K, Sato Y, Tabata R, Kawakatsu Y, Okayasu K, Sawai Y, Okada R, Asahina M, Ichihashi Y, Shirasu K, Suzuki T, Niwa M, Higashiyama T, Cell–cell adhesion in plant grafting is facilitated by β-1,4-glucanases. Science 369(6504): 698-702. 2020 [PubMed] [Journal]
  27. Kurotani K, Wakatake T, Ichihashi Y, Okayasu K, Sawai Y, Ogawa S, Cui S, Suzuki T, Shirasu K, Notaguchi M, Host-parasite tissue adhesion by a secreted type of β-1,4-glucanase in the parasitic plant Phtheirospermum japonicum. Commn. Biol. 3: 407. 2020 [PubMed] [Journal]
  28. Ichihashi Y, Date Y, Shino A, Shimizu T, Shibata A, Kumaishi K, Funahashi F, Wakayama K, Yamazaki K, Umezawa A, Sato T, Kobayashi M, Kamimura M, Kusano M, Che F-S, O`Brien M, Tanoi K, Hayashi M, Nakamura R, Shirasu K, Kikuchi J, Nihei N, Multi-omics analysis on an agroecosystem reveals the significant role of organic nitrogen to increase agricultural crop yield. PNAS 117(25): 14552-14560. 2020 [PubMed] [Journal]
  29. Ogura T, Kobayashi NI, Hermans C, Ohmae Y, Ichihashi Y, Shibata A, Shirasu K, Aoki N, Sugita R, Ogawa T, Suzuki H, Iwata R, Nakanishi TM, Tanoi K, Short-Term Magnesium Deficiency Triggers Nutrient Retranslocation in Arabidopsis thaliana. Front. Plant Sci. 11: 563. 2020 [PubMed] [Journal]
  30. Goto Y, Maki N, Ichihashi Y, Kitazawa D, Igarashi D, Kadota Y, Shirasu K, Exogenous treatment with glutamate induces immune responses in Arabidopsis. Mol. Plant Microbe Interact. 33: 474-487. 2020 [PubMed] [Journal]
  31. Motomura K, Arae T, Uramoto HA, Suzuki Y, Takeuchi H, Suzuki T, Ichihashi Y, Shibata A, Shirasu K, Takeda A, Higashiyama T, Chiba Y, AtNOT1 is a novel regulator of gene expression during pollen development. Plant Cell Physiol. 61(4): 712–721. 2019 [PubMed] [Journal]
  32. Lee ZH, Tatsumi Y, Ichihashi Y, Suzuki T, Shibata A, Shirasu K, Yamaguchi N, Ito T, CRABS CLAW and SUPERMAN Coordinate Hormone-, Stress-, and Metabolic-Related Gene Expression During Arabidopsis Stamen Development. Front. Ecol. Evol. 7: 437. 2019 [Journal]
  33. Wu J, Ichihashi Y, Suzuki T, Shibata A, Shirasu K, Yamaguchi N, Ito T, Abscisic acid-dependent histone demethylation during postgermination growth arrest in Arabidopsis. Plant Cell Environ. 42: 2198-2214. 2019 [PubMed] [Journal]
  34. Yoshida S, Kim S, Wafula EK, Tanskanen J, Kim YM, Honaas L, Yang Z, Spallek T, Conn CE, Ichihashi Y, Cheong K, Cui S, Der JP, Gundlach H, Jiao Y, Hori C, Ishida JK, Kasahara H, Kiba T, Kim MS, Koo N, Laohavisit A, Lee YH, Lumba S, McCourt P, Mortimer JC, Mutuku JM, Nomura T, Sasaki-Sekimoto Y, Seto Y, Wang Y, Wakatake T, Sakakibara H, Demura T, Yamaguchi S, Yoneyama K, Manabe RI, Nelson DC, Schulman AH, Timko MP, dePamphilis CW, Choi D, Shirasu K, Genome Sequence of Striga asiatica Provides Insight into the Evolution of Plant Parasitism. Current Biology 29: 3041-3052. 2019 [PubMed] [Journal]
  35. Toju H, Peay KG, Yamamichi M, Narisawa K, Hiruma K, Naito K, Fukuda S, Ushio M, Nakaoka S, Onoda Y, Yoshida K, Schlaeppi K, Bai Y, Sugiura R, Ichihashi Y, Minamisawa K, Kiers ET, Core microbiomes for sustainable agroecosystems. Nature Plants 4: 247-257. 2018 [PubMed] [Journal]
  36. Ostria-Gallardo E, Ranjan A, Ichihashi Y, Corcuera L, Sinha N, Decoding the gene co-expression network underlying the ability of Gevuina avellana to live in diverse light conditions. New Phytologist 220(1): 278-287. 2018 [PubMed] [Journal]
  37. Sato K, Kadota Y, Gan P, Bino T, Uehara T, Yamaguchi K, Ichihashi Y, Maki N, Iwahori H, Suzuki T, Shigenobu S, Shirasu K, High-Quality Genome Sequence of the Root-Knot Nematode Meloidogyne arenaria Genotype A2-O. Genome Announc. 6(26): e00519-18. 2018 [PubMed] [Journal]
  38. Nakayama H, Sakamoto T, Okegawa Y, Kaminoyama K, Fujie M, Ichihashi Y, Kurata T, Motohashi K, Al-Shehbaz I, Sinha N, Kimura S. Comparative transcriptomics with self-organizing map reveals cryptic photosynthetic differences between two accessions of North American Lake cress. Scientific Reports 8: 3302. 2018 [PubMed] [Journal]
  39. Ichihashi Y, Fukushima A, Shibata A, Shirasu K. High Impact Gene Discovery: Simple Strand Specific mRNA Library Construction and Differential Regulatory Analysis Based on Gene Co-expression Network. Methods in Molecular Biology 1830: 163-189. 2018 [PubMed] [Journal]
  40. Ichihashi Y, Kusano M, Kobayashi M, Suetsugu K, Yoshida S, Wakatake T, Kumaishi K, Shibata A, Saito K, Shirasu K. Transcriptomic and Metabolomic Reprogramming from Roots to Haustoria in the Parasitic Plant, Thesium chinense. Plant Cell Physiol. 59(4): 729-738. 2018 [PubMed] [Journal]
  41. Uemura A, Yamaguchi N, Xu Y, Wee W, Ichihashi Y, Suzuki T, Shibata A, Shirasu K, Ito T. Regulation of floral meristem activity through the interaction of AGAMOUS, SUPERMAN, and CLAVATA3 in Arabidopsis. Plant Reproduction 31(1): 89-105. 2018 [PubMed] [Journal]
  42. An CI†, Ichihashi Y†, Peng J, Sinha NR, and Hagiwara N. Transcriptome Dynamics and Potential Roles of Sox6 in the Postnatal Heart. PLOS ONE 11(11): e0166574. 2016 †equal contribution. [PubMed] [Journal]
  43. Fulop D, Ranjan A, Ofner I, Covington MF, Chitwood DH, West D, Ichihashi Y, Headland L, Zamir D, Maloof JN, and Sinha N. A New Advanced Backcross Tomato Population Enables High Resolution Leaf QTL Mapping and Gene Identification. G3 6(10): 3169-3184. 2016 [PubMed] [Journal]
  44. Ranjan A, Budke J, Rowland SD, Chitwood DH, Kumar R, Carriedo LG, Ichihashi Y, Zumstein K, Maloof JN, and Sinha N. eQTL regulating Transcript Levels Associated with Diverse Biological Processes in Tomato. Plant Physiol. 172(1): 328-340. 2016 [PubMed] [Journal]
  45. Kondo Y, Nurani AM, Saito C, Ichihashi Y, Saito M, Yamazaki K, Mitsuda N, Ohme-Takagi M, and Fukuda H. Vascular Cell Induction Culture System Using Arabidopsis Leaves (VISUAL) Reveals the Sequential Differentiation of Sieve Element-like Cells. Plant Cell 28(6): 1250-1262. 2016 [PubMed] [Journal]
  46. Ostria-Gallardo E, Ranjan A, Chitwood DH, Kumar R, Townsley BT, Ichihashi Y, Corcuera LJ, and Sinha NR. Transcriptomic analysis suggests a key role for SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN LIKE, NAC and YUCCA genes in the heteroblastic development of the temperate rainforest tree Gevuina avellana (Proteaceae). New Phytologist. 210(2): 694-708. 2016 [PubMed] [Journal]
  47. Chitwood DH, Kumar R,Ranjan A, Pelletier JM, Townsley B, Ichihashi Y, Martinez CC, Zumstein K, Harada JJ, Maloof JN, and Sinha N. Light-induced indeterminacy alters shade avoiding tomato leaf morphology. Plant Physiol. 169(3): 2030-2047. 2015 [PubMed] [Journal]
  48. Townsley BT, Covington MF, Ichihashi Y, Zumstein K, Sinha NR. BrAD-seq: Breath Adapter Directional sequencing: a streamlined, ultra-simple and fast library preparation protocol for strand specific mRNA library construction. Front. Plant Sci. 6: 366. 2015 [PubMed] [Journal]
  49. Mutuku JM, Yoshida S, Shimizu T, Ichihashi Y, Wakatake T, Seo M, Takahashi A, Shirasu K. The WRKY45-dependent signaling pathway is required for resistance against Striga parasitism. Plant Physiol. 168(3): 1152-1163. 2015 [PubMed] [Journal]
  50. Nozue K, Tat A, Devisetty UK, Robinson M, Ichihashi Y, Lekkala S, Maloof J. Shade avoidance components and pathways in adult plants revealed by phenotypic profiling. PLOS Genet. 11(4): e1004953. 2015 [PubMed] [Journal]
  51. Ranjan A, Townsley, BT, Ichihashi Y, Sinha NR and Chitwood DH. An Intracellular Transcriptomic Atlas of the Giant Coenocyte Caulerpa taxifolia. PLOS Genet. 11(1): e1004900. 2015 [PubMed] [Journal]
  52. Ichihashi Y, Aguilar-Martínez JA, Farhi M, Chitwood DH, Kumar R, Millon LV, Peng J, Maloof JN, and Sinha NR. Evolutionary developmental transcriptomics reveals a gene network module regulating interspecific diversity in plant leaf shape. PNAS 111(25): E2616-E2621. 2014 [PubMed] [Journal]
  53. Ranjan A, Ichihashi Y, Farhi M, Zumstein K, Townsley B, David-Schwartz R, Sinha NR. De novo assembly and characterization of the transcriptome of the parasitic weed Cuscuta pentagona identifies genes associated with plant parasitism. Plant Physiol. 166(3): 1186-1199. 2014 [PubMed] [Journal]
  54. Chitwood DH, Ranjan A, Kumar R, Ichihashi Y, Zumstein K, Headland L, Gallardo E, Aguilar-Martinez JA, Bush S, Carriedo L, Fulop D, Martinez C, Peng J, Maloof J, and Sinha NR. Resolving distinct genetic regulators of tomato leaf shape within a heteroblastic and ontogenetic context. Plant Cell 26(9): 3616-3629. 2014 [PubMed] [Journal]
  55. Chitwood DH, Kumar R, Headland LR, Ranjan A, Covington MF, Ichihashi Y, Fulop D, Jiménez-Gómez JM, Peng J, Maloof JN, Sinha NR. A quantitative genetic basis for leaf morphology in a set of precisely defined tomato introgression lines. Plant Cell 25(7): 2465-248. 2013 [PubMed] [Journal]
  56. Kumar R†, Ichihashi Y†, Kimura S, Chitwood DH, Headland LR, Peng J, Maloof JN, Sinha NR. A High-Throughput Method for Illumina RNA-Seq Library Preparation. Front. Plant Sci. 3: 202. 2012. † equal contribution. [PubMed] [Journal]
  57. Ichihashi Y, Kawade K, Usami T, Horiguchi G, Takahashi T, Tsukaya H. Key proliferative activity in the junction between the leaf blade and leaf petiole of Arabidopsis. Plant Physiol. 157(3): 1151-1162. 2011 [PubMed] [Journal]
  58. Ichihashi Y, Horiguchi G, Gleissberg S, Tsukaya H. The bHLH transcription factor SPATULA controls final leaf size in Arabidopsis thaliana. Plant Cell Physiol. 51: 252-261. 2010 [PubMed] [Journal]
  59. Kazama T, Ichihashi Y, Murata S, Tsukaya H. The mechanism of cell cycle arrest front progression explained by a KLUH/CYP78A5-dependent mobile growth factor in developing leaves of Arabidopsis thaliana. Plant Cell Physiol. 51: 1046-1054. 2010 [PubMed] [Journal]
  60. Ichihashi Y, Minami M. Phylogenetic positions of Tokai hilly land element, Drosera tokaiensis (Droseraceae) and its parental species, D. rotundifolia and D. spatulata. J Phytogeo Tax. 57: 7-16. 2009 [Journal]
  61. 総説論文

  62. Fujiwara F, Nihei N, Ichihashi Y. 「農業デジタルツインによるGX」 アグリバイオ 8(1): 22-28. 2024
  63. Nihei N, Ichihashi Y. 「植物におけるアミノ酸の吸収とその利用」 ニューカントリー 70(11): 17-20. 2023
  64. Nihei N, Ichihashi Y. 「マルチオミクス解析による農業生態系のデジタル化」 日本土壌肥料学雑誌 C-23-017-2. 2023
  65. Kee YJ, Ogawa S, Ichihashi Y, Shirasu K, Yoshida S. Strigolactones in Rhizosphere Communication: Multiple Molecules With Diverse Functions. Plant Cell Physiol. 00(00): 1-12. 2023 [PubMed] [Journal]
  66. Nihei N, Ichihashi Y. 「農業現場でのマルチオミクス解析と農業生態系のデジタル化 植物,微生物,土壌が織りなす世界の新たな展開」 化学と生物 61(7): 324-330. 2023
  67. Nakayama H, Ichihashi Y, Kimura S. Diversity of tomato leaf form provides novel insights into breeding. Breeding Science. doi: 10.1270/jsbbs.22061. 2023 [Journal]
  68. Fujiwara F, Miyazawa K, Nihei N, Ichihashi Y. Agroecosystem Engineering Extended from Plant-Microbe Interactions Revealed by Multi-Omics Data. Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry. 87(1): 21-27. 2023 [PubMed] [Journal]
  69. Ichihashi Y, Nihei N. 「マルチオミクス解析による農業生態系のデジタル化」 植調 56(6): 143-148. 2022
  70. Ichihashi Y, Nihei N. Che F. 「農業生態系のデジタル化により明らかになった有機態窒素の役割―植物栄養学の新たな展開―」 植物の生長調節 Regulation of Plant Growth & Development, 56(2): 97-101. 2021
  71. Nihei N, Ichihashi Y. 「アイソトープのトレーサー利用により明らかになる作物生育に関与する有機成分の機能解明」 RADIOISOTOPES, 70: 29-39. 2021
  72. Ichihashi Y, Nihei N. 「作物生産におけるマルチオミクス解析の現状と課題」 バイオサイエンスとインダストリー, 79(1): 20-24. 2021
  73. Ichihashi Y. 「日本らしい植物微生物学」 アグリバイオ 1月号, 5(1): 6-7. 2021
  74. Nihei N, Ichihashi Y. 「農業生態系のデジタル化に成功し、土壌有機態窒素の重要性を解明」 作物生産と土作り 52(559): 52-57. 2020
  75. Ichihashi Y, Hakoyama T, Iwase A, Shirasu K, Sugimoto K, Hayashi M. Common mechanisms of developmental reprogramming in plants - lessons from regeneration, symbiosis and parasitism. Front Plant Sci. 11: 1084. 2020
  76. Ichihashi Y, Nihei N, Date Y. 「マルチオミクス解析で拓く次世代農業」 アグリバイオ 8月号, 18-22, 2020
  77. Ichihashi Y, Ishigaki Y, Shirasu K. 「植物と根圏微生物叢の相互作用」 アグリバイオ 9月号, 67-84, 2017
  78. Ichihashi Y. Evolutionary developmental studies of leaf shape. BSJ-Review. 7. 288. 2016
  79. Sinha NR, Rowland SD, and Ichihashi Y. Using gene networks in EvoDevo analyses. Curr. Opin. Plant Biol. 33: 133-139. 2016
  80. Ichihashi Y and Fukushima A. Frontiers of Transcriptomics in Plant Science. BSJ-Review. 7. 110. 2016
  81. Yoshida S, Cui S, Ichihashi Y, and Shirasu K. The Haustorium, a Specialized Invasive Organ in Parasitic Plants. Annual Review of Plant Biology 67: 643-667. 2016
  82. Ichihashi Y, Tsukaya H. Behavior of Leaf Meristems and Their Modification. Front Plant Sci. 6: 1060. 2015
  83. Ichihashi Y. Developmental mechanism underpinning leaf shape evolution. Plant Morphology 26: 43-50. 2015
  84. Ichihashi Y, Mutuku JM, Yoshida S, Shirasu K. Transcriptomics exposes the uniqueness of parasitic plants. Briefings in Functional Genomics 14(4): 275-282. 2015
  85. Ichihashi Y and Sinha NR. From genome to phenome and back in tomato. Curr. Opin. Plant Biol. 18: 9-15. 2014
  86. Ranjan A, Ichihashi Y, Sinha NR. 2012. The tomato genome: implications for plant breeding, genomics and evolution. Genome Biol. 13(8): 167. 2012
  87. Aichi M, Ichihashi Y, Minami M. 「<第4章>食虫植物トウカイコモウセンゴケとその両親種の話」アリーナ,中部大学,7,pp389-396,2009
  88. Ajioka Y, Ichihashi Y, Kyuushima H, Kogaya K, Horikawa D, Minami M. 「DNA多型を用いた遺伝的多様性解析と鑑定法」中部大学生物機能開発研究所紀要, 中部大学, 7, 49-74, 2007
  89. Ichihashi Y, Hattori K, Minami M. 「総説 東海丘陵要素植物群落の保全生態学的研究 保全•修復とその管理に関する研究 (4) モウセンゴケ属(Drosera)の種多様性と分子系統学的研究について」 中部大学生物機能開発研究所紀要, 中部大学, 6, 67-84, 2006


  • 佐藤 匠, 市橋 泰範 「アーバスキュラー菌根菌の力を利用するバイオスティミュラント資材の開発に向けて」 山内 靖雄, 須藤 修, 和田 哲夫 (監修). バイオスティミュラントハンドブック. エヌ・ティー・エス. 2022
  • 二瓶 直登, 市橋 泰範 「アミノ酸による植物生育への作用メカニズム」 山内 靖雄, 須藤 修, 和田 哲夫 (監修). バイオスティミュラントハンドブック. エヌ・ティー・エス. 2022
  • Ichihashi Y, Kawade K, Tsukaya H. Arabidopsis thaliana leaf blade and leaf petiole. Noguchi T, Kawano S, Tsukaya H, Matsunaga S, Sakai A, Karahara I, Hayashi Y (Eds.). Atlas of Plant Cell Structure. Springer. 2014


  • 市橋 泰範, 成川 恵, 木本 訓弘 「アーバスキュラー菌根菌の生産方法」 特願2024-059737(2024/4/2 出願)
  • 小泉 敬彦, 市橋 泰範, 鈴木 健大 「A quantitative prediction method utilizing whole omics data as a biosensor」 特願63-453626(2023/3/21 出願)
  • 成川 恵, 市橋 泰範 「有用微生物のスクリーニング方法」 特願2022-074332(2022/4/28 出願)
  • 二瓶 直登, 市橋 泰範, 佐藤 匠, 阿閉 耕平, 柴本 寛子, 鈴木 健吾 「作物鮮度保持改善剤、作物鮮度保持改善用肥料組成物及び作物鮮度保持改善方法」 特願2021-28907(2021/2/25 出願)
  • 市橋 泰範, 箱山 雅生 「アダプター配列が付加されたDNA分子を製造する方法、およびその利用」 特願2020-025576(2020/2/18 出願)


  • 日本分析化学会第84回分析化学討論会「農マルチオミクス解析から農業デジタルツイン開発へ」 2024年5月18日〜5月19日
  • 第39回資源植物科学シンポジウム及び第15回ストレス科学研究シンポジウム-植物科学の基礎から応用まで-「農業生態系のマルチオミクス研究」 2024年2月26日
  • 5th Waseda Brussels Conference"Global Sustainable Food Supply"SESSION II - CARBON FARMING 「Toward development of agricultural digital twin」 2023年12月13日
  • 日本土壌肥料学会2023年度愛媛大会一般公開シンポジウム「農業生態系のデジタル化-温州みかんの農業生態系デジタル化研究の事例-」 2023年9月14日
  • 公開シンポジウム「食・土・肥料-SDGs達成のための基礎科学として」 「データサイエンスで篤農家の匠の技を明らかにする」 2023年7月29日
  • 2023年度日本計量生物学会 「マルチオミクス解析から農業デジタルツイン開発へ」 2023年4月20日
  • ~人と地球の健康を考える~ プラネタリーヘルスケア・フォーラム 「デジタルと微生物利用による新しい農業」 2022年11月24日
  • NTT西日本主催 ICTオンラインセミナー 「地球環境に配慮した次世代の農業とは」 2022年11月9日
  • 日本農芸化学会2022年度大会産学官学術交流フォーラム 「植物 x 微生物で21世紀の緑の革命をめざす」 2022年3月18日
  • 日本農芸化学会2022年度大会「植物-微生物相互作用から拡張する農業環境エンジニアリングの未来像」 2022年3月15日
  • 超異分野学会東京大会2022「エンジニアリング オブ 複雑発酵 ー 我が家の糠床は科学技術で完コピできるのか? ー」 2022年3月4日
  • ジョイントシンポジウム“植物を「観る」から農作物を「みる」へ”「マルチオミクス解析による農業生態系のデジタル化」 2022年3月2日
  • シスメックスとの技術交流会「マルチオミクス解析による農業生態系のデジタル化」 2021年11月19日
  • 有機農業者対象講演「有機農業の普及と土壌のデジタル化の将来性について」 2021年10月16日
  • 第15回メタボロームシンポジウム「マルチオミクス解析による 農業生態系のデジタル化」 2021年10月14日
  • 富岳BEGINS HPCが起こす「食の革命」の可能性~バイオ・農業・資源循環~「農業のデジタルツイン 農業環境エンジニアリングシステム」 2021年9月17日
  • 第3回センサ&IoTセミナー「マルチオミクス解析による農業生態系のデジタル化」 2021年4月27日
  • 第2回農業の持続的生産とスマート農業研究会「マルチオミクス解析による農業生態系のデジタル化」 2021年3月31日
  • 第68回日本生態学会大会「マルチオミクス解析による農業生態系のデジタル化」 2021年3月17日
  • 有機農業技術者会議2021「新たな農法技術開発への期待」 2021年2月20日
  • 2020年植物微生物研究会オンラインシンポジウム「植物微生物学の未来へのロードマップ」 2020年9月12日
  • 東京バイオテクノロジー専門学校講演「最新テクノロジーで日本の農業へ貢献」 2020年1月7日
  • 2019年植物科学シンポジウム「農業現場でのマルチオミクス解析の展開」 2019年12月11日
  • SIPワークショップ「デジタルと微生物利用による新しい農業」 2019年11月13日
  • トーゴーの日シンポジウム2019「微生物―植物相互作用を解明して育種に繋げるには?」 2019年10月5日
  • 理研イブニングセミナー「作物と土と微生物の関係について~科学の力で農業環境の見える化~」 2019年9月18日
  • 微生物生態学会-植物生理学会共催シンポジウム「植物微生物研究で共創する未来」 2019年9月11日
  • 理研サイエンスレクチャー「微生物の力を利用して農業へ貢献する研究」 2019年8月25日
  • 農研機構・NGSデータ解析シンポジウム「フィールドアグリオミクスにより有機農業を科学する」 2018年9月25日
  • オーガニックライフスタイルEXPO「「野菜の健康診断」データから見る 一般野菜と有機野菜を比較する」2018年9月23日
  • アグリゲノム産業研究会第7回例会「フィールドアグリオミクスにより有機農業を科学する」 2018年9月14日
  • 第70回日本生物工学会大会「フィールドアグリオミクスにより有機農業を科学する」 2018年9月7日
  • JBA植物バイオ研究会第15回会合 「フィールドアグリオミクスにより有機農業を科学する」 2018年4月18日
  • 徳島オーガニックフェスタ 「フィールドアグリオミクス研究」2018年2月24日
  • 岡山大学植物研・共同研究拠点ワークショップ 「フィールドアグリオミクスにより有機農業を科学する」2017年12月」2017年12月26日
  • 第一回日本共生生物学会大会「寄生植物-宿主相互作用における表現型可塑性と遺伝子発現ダイナミクス」2017年11月19日
  • 日本線虫学会第23回大会 「植物の進化発生学における比較トランスクリプトーム解析」2015年9月2日


  • 日経新聞にて研究活動の報道 2023年12月4日
  • 日本土壌肥料学会2022年度東京大会にて若手ポスター発表優秀賞を受賞 2022年9月14日:https://www.jssspn.org/2022/doc/pdf/award.pdf
  • 根研究学会にて学術特別賞を受賞 2022年9月18日:http://www.jsrr.jp/rspnsv/awards.html
  • 日本経済新聞・日経産業新聞・上毛新聞・京都新聞・伊勢新聞・愛媛新聞・佐賀新聞・山梨日日新聞・中国新聞・中日新聞・高知新聞・奈良新聞・千葉日報にて研究活動の報道 2022年3月15日〜2022年3月30日
  • 読売新聞にて研究活動の報道 2021年3月25日
  • 日経バイオテクにて研究活動の報道 2021年3月2日
  • 生物系特定産業技術研究支援センターのサイトにて研究活動の報道 2020年10月1日
  • 科学新聞にて研究活動の報道 2020年6月26日
  • 生物系特定産業技術研究支援センターのサイトにて研究活動の報道 2020年6月23日
  • 農業協同組合新聞にて研究活動の報道 2020年6月15日
  • 日経バイオテク、化学工業日報、福島民友、福島民報にて研究活動の報道 2020年6月9日
  • SMART AGRIにて研究活動の報道 2020年2月21日
  • SMART AGRIにて研究活動の報道 2020年2月19日
  • SMART AGRIにて研究活動の報道 2020年2月17日
  • 日本農業新聞にて研究活動の報道 2018年3月28日
  • 日本農業新聞にて研究活動の報道 2017年8月29日