本チームの研究が肥料開発に貢献しました

2020年度まで本チームが進めた内閣府・SIP国家プロジェクトの研究成果の一部として、株式会社ユーグレナさんが注力する微細藻類ユーグレナを使った肥料に、作物の鮮度を保つ働きがあることを確認しました。

ニュースリリースについて:
https://www.euglena.jp/news/20210830-2/

チームリーダー
市橋 泰範
Yasunori Ichihashi

第一回植物微生物シンバイオロジー協議会シンポジウム「植物微生物×イメージング」を開催しました

植物微生物シンバオロジー協議会にて、第一回植物微生物シンバイオロジー協議会シンポジウム「植物微生物×イメージング」をオンライン開催しました。

<プログラム>
13:30-13:35 開会の挨拶(理化学研究所 環境資源科学研究センター・白須賢 副センター長)
13:35-14:05 【将来ビジョン】(龍谷大学 農学部・別役重之 准教授)
14:05-14:25 【最先端研究】(筑波大学・竹下典男 准教授)
14:25-14:45 【最先端研究】(Salk Institute for Biological Studies・登達也 研究員)
14:45-15:00 休憩
15:00-15:30 【活動紹介】(農業・食品産業技術総合研究機構・中島隆 理事)
15:30-15:45 【技術紹介】(Leica・長利卓 様)
15:45-16:00 【技術紹介】(Zeiss・佐藤康彦 様)
16:00-16:25 総合討論
16:25-16:30 閉会の挨拶(株式会社 前川総合研究所・篠崎聡 代表取締役)

<総合討論>

市橋:NGS技術とイメージングは原理的に同じか?
登 :一部はその通り。例えば、illuminaのシーケンシングは高速でイメージングしている。今回紹介した空間トランスクリプトームは切片上でシーケンシングしている。イメージングしながらシーケンシングする未来が来るかも。
市橋:サツマイモ基腐病で症状が出ていない感染個体はPCRで検出しているのか?
中島:その通り。現時点でドローン画像により症状が出ている個体を検知する技術はあるが、症状が出ていない感染初期の個体をいかに検知するかが課題である。今回紹介されたようなイメージング技術は課題解決につながる可能性が高い。
市橋:制御された実験系で、症状が出ていない感染初期の個体を再現して、それを高解像度イメージングで見てみるというアプローチは植物病理分野で事例がありそうか?
別役:自分は遺伝子組換え生物を主に使っているので試していない。しかし、植物は抗菌化合物など、自家蛍光を出す様々な物質を持つので、蛍光寿命などの新しいイメージングにより、遺伝子組換え無しでも植物から様々なことがわかるだろう。
市橋:今回の登壇者が持つ技術や知見により、今まで捉えられていないような植物微生物の相互作用が最新のイメージングで「見る」ことができる、そういった未来がくるかもしれない。
白須:とても興味深い。農業で重要なのは自動化だ。自動サンプリングとモニタリング。例えば、自動で土をサンプリングして、LAMP法などで増幅して、in situでシーケンシングするとか。個々の技術はすでにあるので、やるかやらないかだ。中島理事がおっしゃる通り、これから入ってくる病原菌や進化した病原菌について早急にゲノムを読んで、リアルタイムで検出できるようにするといった、植物分野でのCDC(疾患対策予防センター)が必要だ。
市橋:植物以外での疾患を対象にイメージング技術がどう使われているか?
長利:STED(*1)でウイルスや細菌が感染していく様子を観察したりする。組織切片だが、抗体ベースのCell Dive(*2)を使うとマルチプレックスイメージングができる。
竹下:複雑な現象の中で、沢山データが出てきているが、一体何が起きているのかメカニズムがまだわからない。イメージングだけでも難しいだろう。
別役:イメージングの先にある相互作用のメカニズムを知るためには、一人では達成できない、様々なバックグランドを持つ人たちの協力体制が必要で、問題意識を共有していくことが大切だ。
市橋:HeSoDiM(*2)を統括するお立場として、感想と若い方へのメッセージをお願いします。
吉田:土壌診断の基礎や応用において、新しい技術を使ったエビデンスが求められている。特に目で見えるということは説得力が大きい。こういった技術が応用面にも波及してほしい。若い方には、目的をしっかり整理した上で研究を進めてほしい。
市橋:次回はメカニズムに踏み込むための技術としてオミクスをテーマにシンポジウムを企画している。
篠崎:最先端のお話を聞かせていただき、また多くの参加者に集まっていただき、植物微生物学分野は多くの方にとって興味がある分野だと改めて感じた。植物微生物学はなかなか研究が進まなかった分野であるが、今回のイメージングといった技術進展により大きく展開しようとしている。今回、アカデミアからの出席が多いが、民間企業とのタイアップで本分野を進めていきたいと思っている。ぜひ企業側からも研究開発の初期から入っていただきたい。また農業の現場の声も聞きたいと思う。中島理事が紹介された「みどりの食料システム戦略(*4)」はこの分野の目標になる。今後、様々なお立場の方からの協力をお願いしたい。また、今後本協議会で聞きたい話や試したいイベント企画を募集したいと思います。長時間にわたり、ご参加ありがとうございました。

参考URL:
*1:https://www.leica-microsystems.com/jp/製品紹介/光学顕微鏡/p/cell-dive/
*2:https://www.leica-microsystems.com/jp/製品紹介/共焦点顕微鏡/p/stellaris-sted/
*3:http://jppa.or.jp/archive/pdf/69_11_68.pdf
*4:https://www.maff.go.jp/j/kanbo/kankyo/seisaku/midori/index.html

チームリーダー
市橋 泰範
Yasunori Ichihashi

チームリーダーが富岳BEGINSトークイベントに参加します

日本が誇るスーパーコンピュータ「富岳」の本格的な活用が始まりつつあります。
「富岳」を活用した食の革命の可能性について、パネルディスカッションで討論します。

<2021年9月17日、Zoomウェビナー(LIVE配信)>
興味がある方、是非こちらから参加登録をしていただければと思います:
https://www.r-ccs.riken.jp/sympo/fugaku-begins2021/

チームリーダー
市橋 泰範
Yasunori Ichihashi

理研BRC設立20周年ページが公開されました

理研バイオリソース研究センター設立20周年を迎え、10月には記念式典およびシンポジウムが開催されます。
当チームからはチームリーダーが登壇します。

理研BRC設立20周年のページはこちら:
https://web.brc.riken.jp/ja/brc20th

記念式典のページはこちら:
https://web.brc.riken.jp/ja/brc20th/ceremony

シンポジウムのページはこちら:
https://web.brc.riken.jp/ja/brc20th/symposium

アシスタント
南部 真夕
Mayu Nanbu

微生物による地球冷却を目指す、内閣府ムーンショット型研究開発事業「dSOILプロジェクト」に参画しました

近年の異常気象は、地球温暖化が原因の一端となっております。その地球温暖化を促進する温室効果ガスのうち、一酸化二窒素やメタンなどは食糧生産過程で大量に発生します。このため、食糧生産システムの改変が人類の生存に必須の課題となっております。
私たちが参画する「dSOILプロジェクト」では、植物共生微生物や土壌微生物の働きにより土壌中の温室効果ガスを削減し、土壌ー微生物ー植物系による「クールアース」を実現すべく研究を行なっております。

dSOILプロジェクトホームページはこちら:
https://dsoil.jp

開発研究員
成川(奈良) 恵
Megumi Narukawa-Nara

KYOTO STEAM 2022 国際アートコンペティションに参加します

アーティストと企業・研究機関等がコラボレーション制作
「KYOTO STEAM2022国際アートコンペティション」(2022年1月29日〜2月13日)に参加します。
当チームは記憶の再編によるアイデンティティの分有によって「他者の中に開かれる自己」をテーマに制作されている美術家の川松康徳様とのコラボレーションとなります。
「アート×サイエンス・テクノロジー」がどんな化学反応を起こし芸術作品になるのか楽しみです。

KYOTO STEAM 2022 のウェブサイトはこちら:
https://kyoto-steam.com/program/event01/

サポートスタッフ
久野 智美
Satomi Kuno

理研ハッカソンが開催されました

本チームが進めるSIPおよびMSプロジェクトメンバーとともに理研ハッカソンの農学セッションを開催しました。事前公開シンポジウムでは東京農工大・千葉学長、農研機構・林先生、東大・岩田先生に話題提供をしていただきました。ハッカソンではマルチオミクスデータを使ったデータ解析やデータベース構築、統合モデリングの検討を行いました。一週間があっという間に過ぎた有意義な時間となりました。ご参加していただいた皆様、大変お疲れさまでした。来年度はオンサイトできることを願っております。

理研ハッカソンについて:
https://www.riken.jp/pr/events/symposia/20210322_1/index.html

チームリーダー
市橋 泰範
Yasunori Ichihashi